Резюме

Контакты

e-mail: alexey.efanov@yahoo.com

tel: +7-968-446-0322

Образование

1999-2002: Аспирант Института Биологии Развития им. Н.К Кольцова, Москва. Тема диссертации: Исследование экспрессии генов нейротрофинов человека в трансгенных линиях дрозофил.

2019-2022: Университет Белвью, штат Небраска, США. Магистр науки о данных.

2022- 2024: Университета Джонса Хопкинса, штат Мериленд, США. Сертификат пост-магистратуры: Анализ и интерпретация данных высокопроизводительного секвенирования и геномика.

Опыт работы

1998-1999: Лаборант Института Биологии Гена, Москва

1999-2002: Аспирант Института Биологии Развития им. Н.К Кольцова, Москва

2002-2004: Научный сотрудник Института Биологии Гена, Москва

2004-2015: Научный сотрудник Онкологического центра Университета штата Огайо, США.

2015-2016: Научный сотрудник Медицинского института университета Питтсбурга, штат Пенсильвания, США

2017-2018: Научный сотрудник Клиники Кливленда, штат Огайо, США

2018-2020: Старший научный сотрудник Онкологического центра имени Мурс, штат Калифорния, США

2022-2024: Биоинформатик Аналитик данных, Института Биологии Развития им. Н.К Кольцова, Москва (удалённая работа).

Навыки программирования и работы с Microsoft Office

Питон, Р, бэш, авк, Джаваскрипт, HTML, CSS, CGI (common gateway interface), регулярные выражения, SQL, git, GitHub, анаконда, Jupyter lab, Юбунту

• Визуализация данных
  Питон: Matplotlib, Seaborn, Plotly, dash
  Р: ggplot2, GGally, Plotly
• Трансформация данных
  Питон: Pandas, Numpy
  Р: Caret, rpart
• Машинное обучение
  Питон: Scikit-learn, statsmodels
  Р: Caret, rpart
• Библиотеки для статистического анализа и математической обработки данных
  Питон: scipy, numpy, math, Sympy
  Р
• Выявление скрытых паттернов и закономерностей данных
  Питон: NumPy, Pandas, Scikit-learn, Matplotlib, Seaborn, pyspark, SciPy, NLTK, TensorFlow, Keras
  Р: caret, dplyr, ggplot2, tm, igraph
• Microsoft Office (Word, PowerPoint, Excel)
  Excel:

  • функции математические (ОКРУГЛ, ОКРУГЛВВЕРХ, ОКРУГЛВНИЗ, ОКРВВЕРХ, ОКРВНИЗ, ЦЕЛОЕ, ...)
  • функции статистические (СУМЕСЛИ, СУМЕСЛИМН, СЧЁТЕСЛИ, СРЗНАЧЕСЛИ, МИНЕСЛИ, МАКСЕСЛИ, ...)
  • функции логические (И, ИЛИ, ЕСЛИ, ЕСЛИМН, ПЕРЕКЛЮЧ, ЕСЛИОШИБКА)
  • функции текстовые (СЦЕПИТь, СЦЕП, ОБъЕДИНИТь, СЖПРОБЕЛЫ, ПРОПИСН, СТРОЧН, ПРОПНАЧ, ЛЕВСИМВ, ПРАВСИМВ, ПСТР, ...)
  • текст по столбцам, мгновенное заполнение
  • функции даты и времени (ДОЛЯГОДА, ДЕНь, МЕСЯЦ, ЧИСТРАБДНИ.МЕЖД,...)
  • ВПР, ГПР, ИНДЕКС, ПОИСКПОЗ, ДВССЫЛ
  • условное форматирование
  • сортировка, фильтрация данных, удаление дупликатов, срезы
  • формулы массива
  • сводные таблицы
  • Power Pivot (создание моделей и связей из нескольких таблиц, создание вычисляемых столбцов и вычисляемых полей с использованием DAX формул (Data Analysis Expression) и др.)
  • Power Query (использование языка М для трансформации данных)
  • Power BI (построение интерактивных графиков)

Веб-дизайн

HTML, CSS (cascading style sheets), Джаваскрипт, CGI (common gateway interface)

Навыки биоинформатики

Высокопроизводительное секвени́рование РНК, Высокопроизводительное секвенирование ДНК, Высокопроизводительное секвени́рование РНК единичных (одиночных) клеток, Иммунопреципитации хроматина с последующим высокоэффективным секвенированием, Высокопроизводительный метод секвенирования для анализа доступности хроматина по всему геному, Бисульфитное секвенирование с последующим высокоэффективным секвенированием

• генериривание fastq файлов: fastqc
• удаление нуклеотидов с низким качеством секвенирования: trimmomatic, cutadapt
• Выравнивание очищенных последовательностей по эталонному геному: STAR, bowtie2, bwa, Cell Ranger, HISAT2, Bismark
• работа с файлами формата SAM/BAM: samtools
• Получение матрицы экспрессии генов: featureCounts, Cell Ranger
• Анализ матрицы экспрессии генов
• Высокопроизводительное секвени́рование РНК единичных (одиночных) клеток: Seurat
• Высокопроизводительное секвени́рование РНК: DESeq2, edgeR
• Генная онтология и анализ сигнальных путей: clusterProfiler, enrichplot, goseq, ReactomePA
• Детекция, фильтрация и аннотирование SNPs и INDELs: Genomic Analysis Toolkit (GATK)

Библиотеки биокондактора: IRanges, GenomicRanges, Homo.sapiens, Biostrings, BSgenome, Biobase, GEOquery, affy, genefilter, Rsamtools, GenomicAlignments, ArrayExpress, AnnotationDbi, Rsubread, ShortRead, TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene, org.Mm.eg.db, GenomeInfoDb, ChIPseeker, UpSetR, ggupset, Herper, enrichplot, goseq, MSigDB, ReactomePA, DEseq2, edgeR, Seurat,rtracklayer, soGGi, ATACseqQC, BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19, pathview, gage, gageData, GO.db, GOstats, ballgown, GOfuncR, tximportData, biomaRt

Биопитон

Список публикаций

1. Gurnari C, Graham AC, Efanov A, Pagliuca S, Durrani J, Awada H, Patel BJ, Lichtin AE, Visconte V, Sekeres MA, Maciejewski JP. Frequency and perturbations of various peripheral blood cell populations before and after eculizumab treatment in paroxysmal nocturnal hemoglobinuria. Blood Cells Mol Dis. 2021 Mar;87:102528
2. Efanov A, Kelly LM, Liu P, Brenner AV, Little MP, Bogdanova TI, Evdokimova VN, Hatch M, Zurnadzy LY, Nikiforova MN, Yue NJ, Zhang M, Mabuchi K, Tronko MD, Nikiforov YE. "Investigation of the relationship between radiation dose and gene mutations and fusions in post-Chernobyl thyroid cancers". JNCI . 2018. Apr 1; 110(4):371-378
3. Efanov A, Zanesi N, Coppola F, Nuovo J, Bolon B, Croce CM. Human HMGA2 protein overexpressed in mice induces precursor T-cell lymphoblastic leukemia. Blood Cancer Journal. 2014. Jul 11(4).
4. Gaudio E, Paduano F, Ngankeu A, Lovat F, Fabbri M, Sun HL, Gasparini P, Efanov A, Peng Y, Zanesi N, Shuaib MA, Rassenti LZ, Kipps TJ, Li C, Aqeilan RI, Lesinski GB, Trapasso F, Croce CM. Heat shock protein 70 regulates Tcl1 expression in leukemia and lymphomas. Blood. 2013 Jan 10;121(2):351-9.
5. Gaudio E, Spizzo R, Paduano F, Luo Z, Efanov A, Palamarchuk A, Leber AS, Kaou M, Zanesi N, Bottoni A, Costinean S, Rassenti LZ, Nakamura T, Kipps TJ, Aqeilan RI, Pekarsky Y, Trapasso F, Croce CM. Tcl1 interacts with Atm and enhances NF-kB activation in hematological malignancies. Blood. 2012 Jan 5;119(1):180-7.
6. Santanam U, Zanesi N, Efanov A, Costinean S, Palamarchuk A, Hagan JP, Volinia S, Alder H, Rassenti L, Kipps T, Croce CM, Pekarsky Y. Chronic lymphocytic leukemia modeled in mouse by targeted miR-29 expression. Proc Natl Acad Sci U S A. 2010, 107(27):12210-5.
7. Efanov A, Zanesi N, Nazaryan N, Santanam S, Palamarchuk A, Croce CM and Pekarsky Y. CD5+CD23+ leukemic cell populations in Tcl1 transgenic mice show significantly increased proliferation and Akt phosphorylation. Leukemia. 2010, 24:970-5.
8. Efanov A, Palamarchuk A, (Alexey Palamarchuk and Alexey Efanov are equally contributed to the manuscript), Nazaryan N, Santanam U, Alder A, Rassenti L, Kipps T, Croce CM and Pekarsky Y. 13q14 deletions in CLL involve cooperating tumor suppressors. Blood. 2010, 115(19): 3916-3922.
9. Pekarsky Y, Palamarchuk A, Maximov V, Efanov A, Nazaryan N, Santanam U, Rassenti L, Kipps T, Croce CM. Tcl1 functions as a transcriptional regulator and is directly involved in the pathogenesis of CLL. Proc Natl Acad Sci U S A. 2008 105(50):19643-8.
10. Pekarsky Y, Santanam U, Cimmino A, Palamarchuk A, Efanov A, Maximov V, Volinia S, Alder H, Liu CG, Rassenti L, Calin GA, Hagan JP, Kipps T, Croce CM. Tcl1 expression in chronic lymphocytic leukemia is regulated by miR-29 and miR-181. Cancer Res. 2006 66(24):11590-3.
11. Palamarchuk A, Zanesi N, Aqeilan RI, Efanov A, Maximov V, Santanam U, Hagan JP, Croce CM, Pekarsky Y. Tal1 transgenic expression reveals absence of B-lymphocytes. Cancer Res. 2006, 66(12): 6014-7.
12. Palamarchuk A, Efanov A, Maximov V, Aqeilan RI, Croce CM, Pekarsky Y. Akt phosphorylates and regulates Pdcd4 tumor suppressor protein. Cancer Res. 2005 65(24):11282-6.
13. Palamarchuk A, Efanov A, Maximov V, Aqeilan RI, Croce CM, Pekarsky Y. Akt phosphorylates Tal1 oncoprotein and inhibits its repressor activity. Cancer Res. 2005, 65(11):4515-9.
14. Pavlova GV, Efanov AA, Bashkirov VN, Modestova EA, Mertsalov IB, Korochkin LI. Expression of genes coding NGF and BDNF human proteins in embryos of transgenic stocks of Drosophila melanogaster. Tsitologiia. 2002, 44(11):1104-8.
15. Pavlova GV, Efanov AA, Bashkirov VN, Modestova EA, Mertsalov IB, Korochkin LI. Expression of the human gdnf gene in a Drosophila melanogaster transgenic strain. Dokl Biochem Biophys. 2001, Jan-Feb;376:33-5.

Back to top: Back to top

Back to home: Back to home